Вся территория Коргалжынского заповедника является отличным местом для орнитологов. Однако, озеро Малый Тенгиз особенно примечательно тем, что именно на его берегах удобнее всего наблюдать за довольно необычной птицей - Розовым фламинго (Phoenicopterus ruber), который гнездится здесь с мая по октябрь. Коргалжынский заповедник является домом для самой северной в мире популяции фламинго, но, располагаясь на пересечении путей миграции птиц, эти озера являются и местом скопления большого количества прочих пернатых - здесь обитает более 300 видов птиц, наиболее интересными из которых являются кудрявый пеликан, кречетка, белоголовая савка и многие другие. Подобное разнообразие стало причиной того, что несколько лет назад заповедные озера были включены в список ключевых орнитологических территорий мира (IBA).